Ces déversements peuvent avoir des répercussions à long terme sur la santé des phoques et leur environnement. Le problème général de la pollution provenant des activités militaires, agricoles et / ou industrielles (y compris le développement pétrolier et gazier côtier et offshore) est particulièrement préoccupant en raison de ses effets directs et indirects sur les phoques et les aliments qu'ils consomment. De plus les épidémies majeures de maladies peuvent avoir été intensifiées en raison des réponses immunitaires supprimées causées par une variété de polluants. Le phoque doit faire face à d’autres perturbations comme le bruit, ainsi que le développement d'énergie renouvelable extracôtière comme les parcs éoliens, pouvant également affecter le comportement alimentaire et l'état physique des individus. La modification de l’environnement de ces populations amène également des compétition inter espèces telle qu’entre le phoque veau-marin et le phoque gris, deux espèces retrouvées sur les côtes françaises. On note aussi que de nombreux individus se retrouvent pris au piège par les techniques de pêcheries humaines. La surpêche des proies du phoque entraîne également une diminution nette des ressources disponibles, affectant directement les populations. Le changement climatique touche également ces populations. Les projets d'aménagement peuvent altérer ou éliminer des habitats importants ou déplacer les phoques en augmentant les perturbations près des échoueries.